1905年11月,上海南洋公学发生了轰动全国的“墨水瓶风潮”。南洋公学是盛宣怀于1897年创办的一所专门训练洋务人材的学校,因经费充足、校舍宽敞、设备齐全、师资较好、出路优越而颇著声名。该校有6个普通班和一个培养高村生的特班。其中,五班文课、学课教习郭镇瀛学识浅陋、顽固守旧,专以欺压学生为能事,为箝制学生思想,平时只准学生读《大清会典》、《圣武记》,严禁阅读新书新报,更不得集会和议论时政。五班学生对之深恶痛绝。

11月5日,学生故意将一只墨水瓶放在他的座椅上。郭镇瀛认定是有意侮辱他,勃然大怒,严同诘问,并串通学生总办进行诬陷迫害。11月11日,校方应郭之请,开除学生伍正钧,全班人哗,力争无效。14日,全班决定退学,举行告别演说会。

五班的行动引起全校同情,次日,全校学生集会,派代表向总办汪凤瀛请求收回成命,汪不允,学生们决定全校退学。这时校方才慌了手脚,急忙请学生们尊敬的教习蔡元培等出来调解。16日一早,全校学生200余人,检点行装,列队操场,等候交涉的最后消息。可是,蔡元培去见督办盛宣怀转达学生要求时,盛尚高卧未起。10点,学生们见没有回音,便高呼:“祖国万岁!祖国万岁!祖国万岁!”整队离校。

学生退学后,因校方引诱,家长威逼,返回、散走了一些,但退学者仍有145人。大部分退学的学生无处可依,他们想自办“共和学校”也无经费,便请求中国教育会帮助。11月19日,教育会与退学生集议张园,决定成立爱国学社,当时,教育会也没有钱,蔡元培赶赴南京向人借款。到码头时,家人奔至泣告,说其长子病死,蔡元培挥泪嘱他人代办丧事,然后义无反顾,毅然登轮。11月下旬,爱国学社就在南京路福源里正式开学。蔡元培被推为总理,吴稚晖为舍监,章炳麟、黄炎培、蒋维乔、吴丹初等为义务教师。

爱国学社把灌输民主主义思想为己任。其章程说:“本社略师日本吉田氏松下讲社、西乡氏鹿儿私学之意,重精神教育,而所授各科学,皆为锻炼精神、激发志气之助。”吉田松荫、西乡隆盛是明治维新时的日本政治思想界代表人物;松下讲社、鹿儿私学是他们在维新前后的讲学之所。蔡元培在学社开学祝词中说:“用吾理想普及全国,如神经系之遍布脑筋于全体是也。”学社最富特色之处是学生自治制度。学生在校内享有很大的权利和自由。住宿生实行自治制,没有评议会,监督学校行政和学生操行。高年级学生还充当寻常班的教师。学生们经常同教师一起外出参加政治活动。爱国学社在教育上的创举和活跃的政治空气,吸引了许多青年前来就学。

事后,舆论普遍支持学生。《选报》说这一行动“举数十年陋儒浅士卮言曲说,一举而廓清之,以伸独立之权。吾国学界中当有渐被其影响,以固此学生社会,不使露西亚之学生专美于世界”。《新民丛报》说“实中国国民前途关系第一重要事件也”。《苏报》则指责学堂主办者“摄照老大帝国小影,宫场总办局、所之恶习,自尊如帝大,视人如犬马,妄立章程,驰逞臆说。以压制缚束为威力,以用人派事为市恩;以排斥新书匿己短,以艰深旧学炫己长;以苛责细故为讲求实际,以管束学生为门面排场。呜呼,腐败至此,荒谬至此,茶毒暴虐至此,焉得不为世界之公敌也”!